从权利所属这个层面上讲，二者并没有实质性差别，二者的差别主要体现在以下程序：

（1）马德里商标可以一份申请书申请多个多个类别的商标，而普通的涉外商标要一个一个逐一申请；

（2）马德里商标可以直接通过商标局提交申请，而普通的涉外商标一般要委托当地事务所或律所提交，部分需要公证手续；

（3）一般直接在各国注册的商标都会有商标证书，而通过马德里协定或议定程序申请国际商标时指定的各国则不会发放商标证书，需要时可到当地商标主管部门开具商标注册证明；

（4）直接在各国注册的商标不要求该商标在中国已经申请或注册，通过马德里协定或议定的需要在中国已申请；

（5）直接在各国注册的商标相互独立，通过马德里注册的商标如果五年内原属国的商标被宣告无效或撤销，则马德里国际注册也将被撤销；

（6）各国商标审查时间有长有短，马德里商标审查期为12个月或18个月，超过期限未驳回则视为核准注册；

（7）相对于直接在各国申请商标，指定的越多，马德里商标越便宜。

（8）马德里商标申请费用低，操作方便，提交至中国商标局即可，但出结果时间周期长（18个月左右），后期如果有驳回或其他问题还是要委托当地律师进行答辩；

（9）单一申请费用较高，大约是马德里商标申请的两到三倍，但取得结果的时间很短，快的一个月，慢的一年左右，与此同时如果被驳回，负责案件的当地律师会针对案子给出最专业的建议，同时当地律师也会适时提醒各个流程节点期限。

初创企业如果经费预算有限可以采用马德里商标申请方式，可控性较好，且更加直观。

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